揚州水利建筑工程有限責任公司于1956年8月成立，名為“揚州專區農田水利工程隊”,后相繼更名為“江蘇省揚州專區水利基建工程隊”、“揚州市水利基建工程處”，隸屬于揚州市水利局。1993年增掛“揚州水利建筑工程公司”牌子，為兩塊牌子一套機構，原單位性質，級別隸屬關系等不變。2005年6月揚州市水利基建工程處轉企改制，揚州水利建筑工程公司繼續實施自身改制和轉換經營機制。2018年3月揚州水利建筑工程公司經揚州市國資委批準劃轉至揚州市水務投資集團有限公司。現為揚州市水務投資集團有限公司下屬的獨立子公司，目前公司現下設綜合管理部、市場經營部、工程（設備）管理部、安全監督部、財務部五個職能部門和七個分公司。